La struttura stessa di Palazzo Querini è come un manifesto, rende visibile, nelle pietre, cos’è la Fondazione: un luogo vivo dove la storia è riletta alla luce della contemporaneità.
Così vanno interpretati gli interventi, gli innesti, che nel tempo hanno interessato la dimora storica cinquecentesca, a partire dagli ambienti ridisegnati agli inizi degli anni Sessanta da Carlo Scarpa, fra i protagonisti indiscussi dell’architettura del Novecento.
Valeriano Pastor progetta, tra gli anni Ottanta e Novanta, un sistema di collegamento tra i diversi piani del palazzo e tra edifici diversi del complesso.
È Mario Botta, a partire dal 1994, a definire un profondo rinnovamento della struttura attraverso la riorganizzazione degli spazi e dei servizi. Nel 2018 Michele De Lucchi restaura e allestisce gli spazi che ospitano la Collezione Intesa Sanpaolo.